倉庫のせいで建ぺい率がオーバーしていると違法建築になってしまうので、そこを解消したければ壊す必要がありますが、違法建築で困ることは融資が付かないことが一番なので、 購入できる場合は、売却する際に必要に応じて対応すればよいと思います。