検討している物件の一部に市からの払下げが必要な土地が含まれています。市や隣人との立会から登記申請ができるまで半年ほどかかると行政には言われましたが、優先順位を下げるべきでしょうか？

はい、あまり優先度は高くできないと思います。

半年ほど時間がかかるとのことですが、　結局払い下げがうまくいかないケースもあるので注意しましょう。なお、行政が関わると登記などにも非常に時間がかることが多いです。そのため、ペースをコントロールできないので、サブの銀行で時間かかってもいいのであれば進めてもいいと思います。 ただし、融資をお願いする予定のメインの銀行に持っていくことはおすすめしません。