1棟目として検査済証がない築古アパートを購入するのは避けた方がよいですか？

必ずしも非推奨ではありません。
重要な判断軸は

・収支が合うか

・融資が問題なく出るか

の2点です。

収支が合い融資も引けるのであれば特に非推奨と言うほどのことではないと思います。