まず、決済前に水路使用許可を取得することを契約の特約として明記しておくことが重要です。
許可が取れないまま決済すると、購入後に利用制限が生じる可能性があるためです。
また、水路使用許可は通常5年ごとの更新となり、自己居住であれば占有料が免除されることもありますが、賃貸として利用する場合は占有料が発生するケースが多いため、事前に費用を確認しておく必要があります。
さらに、水路が近い物件は湿気が多くなりやすく、シロアリの発生リスクが高まるため、既存被害の有無の確認や防蟻処理の予算計上も忘れずに行うといいかと思います。