築古の木造物件で減価償却期間を短く設定すると、減価償却費が元本返済額を上回ることがあります。この状況は金融機関からネガティブに評価されるのでしょうか？

いいえ。築古・簿価が小さい物件の場合は、短期償却により減価償却費が元本返済を上回っても、金融機関がネガティブに評価するケースは少ないです。

築古物件や、簿価が小さい物件に限りますが、減価償却費＞元本返済となっても純資産へのインパクト小さいのであまり気にしないケースが多いと思います。一方、RCなどで償却期間も長く、簿価も大きいと純資産へのマイナス影響が長期かつ大きいので金融機関からのマイナス評価に繋がり易いと思います。