まず前提として金融機関の評価ではあまり有効宅地部分以外は考慮されないことが多いです。これに加えて旗竿であった場合には掛け目が入って担保価値を計算することが多いと思います。
例：土地の旗竿部分の価値が20、土地の有効宅地部分の価値が80の場合は、この80に対して掛け目が7割程度入り56程度が路線価ベースでの評価。これに更に担保評価(返済が滞った際に売却して回収できる金額見込)として7掛けする金融機関が多いので正味の担保価値は56*0.7=39.2程度と考えらえることが多いのではと思います。ただ、これだと実勢価格と乖離が大きすぎると判断してこの39.2に対して1.25倍(39.2*1.25=49程度が勝ち)などプラスの掛け目をすることも良くあり、この辺は金融機関によく聞いてみましょう。