手付金を仲介会社（例：大手不動産会社）経由で支払うケースは珍しくありませんが、一般的というわけではありません。ただし、大手の仲介会社であれば一定の管理体制が整っているため、振込先の確認など基本的な注意点を押さえていれば、特段問題はないと考えられます。
一方、仲介手数料については、媒介契約の内容によるものの、支払いタイミングは交渉可能です。契約時に半額支払いを求められるケースもありますが、「決済時一括支払い」を希望する旨を伝えれば、柔軟に対応してもらえることもあります。媒介契約書に支払時期の記載がなければ、交渉してみる価値は十分あります。