セカンドハウス利用を目的とする賃貸契約において、物販業務に関連した在庫保管や発送業務が行われる可能性がある場合、契約書で何らかの制限を設けるべきでしょうか？

はい、そのような業務利用が懸念される場合には、居住目的以外での使用を防ぐためにも、契約書に明確な制限条項を設けておくべきです。特に、表札への社名掲示や、不特定多数の出入り、共用部への私物放置などが近隣とのトラブルにつながる可能性があるため、「使用目的は居住に限る」「共用部には私物を置かない」「会社名や屋号などの掲示は禁止」などの内容を契約書に盛り込んでおくことを推奨します。