現在は水路の上に鉄板をひいて出入りをしています。占有許可書が売主の手元にない場合、取得してない可能性もありますか？

はい、取得せずに勝手に使っている場合もあり得ると思います。

行政では水道局が管理していることが多いので、まずは管轄部署に許可の有無を確認しましょう。