既に取引のある金融機関とは別の金融機関で物件を購入予定です。他行での借入により今後の融資に影響が出ますか？

実際に取引のある金融機関の担当の方に相談してみましょう。「この物件を他行で購入予定で、自己資金はこの程度減少するor変わらない見込であるが、今後の融資に影響がないか」質問し、他行で購入した場合の影響を聞いてみると良いと思います。