登記には2種類存在しています。
・表題登記：建物があるということの登記
・所有権保存登記（もしくは所有権移転登記：）その建物の所有者が誰かの登記
登記していない場合にはまず表題登記を行い、その後、所有権保存登記を行うことになります。
表題登記は土地家屋調査士が行い、その後司法書士が所有権の登記を行います。
作業自体は依頼すればできるのですが、表題登記に必要な資料が揃っていないと一から作り直すことになりかなり費用がかかるので購入前に必ず見積もりを取得しておきましょう。
以下の2URLは参考になると思います。