きこりとしての解釈を記載します。おそらく、物件価格のうち一定の割合は融資対象者の資産から出させ、責任を持たせることを意図していると思います。

金融機関としては、物件の金額と保全（返済が止まった際に金融機関が回収できる金額）は関係がないため担当者の真意は理解し難いですが、支店の方針として自己資金の拠出割合が決まっていてそれに基づいて稟議を上げているので、元の金額が変わってしまうと困る、という意図かなと思います。

実際どれだけ担保評価があっても頭金を求める金融機関は存在しています。また、ほかの金融機関の評価が出てから物件価格が下がったので融資金額を見直してもらう、という事例はきこりをはじめ複数あります。