入居者が保証会社に入れない理由は様々ですが、もし保証料がネックになっているのであれば、大家側が費用を負担してでも加入してもらう、というところまで譲歩してもよいと思います。
その上で、どうしても加入が難しい場合に考えられるリスクと、具体的な対応策・費用の目安は以下のように整理できます。
滞納・立退きへの対応
費用は掛かるものの、弁護士を入れて立退きを実施する場合、50〜100万円程度のコストを見込んでおきます。
夜逃げへの対応
残置処理と原状回復で50〜100万円程度（部屋の状況による）かかりますが、部屋の破損部分は火災保険の申請にトライしましょう。
孤独死への対応
残置撤去と特殊清掃で50〜150万円程度が目安です。こちらも汚損や破損については火災保険にトライできると思います。
これらについて、「一部火災保険での補償がある（全額は無理で、恐らく2〜3割程度）」と整理して本件に臨むのであれば良いと思います。
このように「万が一の際の具体的な出費額」と「保険でのカバー範囲」を天秤にかけ、許容できる範囲かどうかで判断してみてください。