まずは満額で請求を行い、先方からの反応を見てから、必要に応じて価格を下げて妥協するという流れで進めるのが良いと思います。
また、請求の根拠となる見積もりについては、いくつか相見積もりを取得してみることをおすすめします。その中で、金額が高い方の見積書で請求を行い、実際のリフォームは安価な工務店さんに依頼するなどの工夫ができると良いかなと思います。
また、タバコによる汚れの回復費用について入居者に請求できない汚損として家主として入っている火災保険を申請することも一つの回収手段と思います。（火災保険についてはいくら使用しても評価が落ちることはないので、申請して損になることはないという意識でいるといいと思います）