報酬が発生し、2つ以上事業所勤務者の届出をすると、年金事務所が標準報酬を按分計算し本業会社に保険料変更通知が届くため、経理にバレるリスクがあります。
バレることを避けて対処する方法は以下4つくらいかなと思います。但し、本件は税理士や社労士資格がないと法的な担保を以て回答することができませんので、あくまで参考としてご確認下さい。
役員報酬を社保加入義務ライン未満(5.8万円未満)に設定する方法ですが、実態として加入必須になるケースも多いです。
貸付金返済での資金回収で、設立時に個人が法人へ貸付けておき返済として回収する形です。報酬扱いにならないのでキャッシュを戻すという観点で良策かと思います。
家族への役員報酬で、配偶者等が受け取る形にすると社保は受け取る家族側の問題になるので本業の経理にバレることはないかと思います。
配当での受け取りで社保対象外になりますが、法人税との二重課税や法人側の節税メリットがなくなる点に注意が必要です。金額規模によって損得が変わるので税理士への試算依頼が確実です。
結論としては、報酬ゼロが維持できないなら「配当」か「貸付返済」での資金回収が社会保険の問題を回避しやすいです。いずれも個別事情で変わるため税理士・社労士への確認を推奨します。