保証会社の審査で落ちてしまう住人がいた場合はどのように対応すればよろしいでしょうか。

保証会社が通らない場合は、基本的に賃料補償に対して打ち手はありません。

なお、保証会社が管理委託する管理会社と業務契約を結んでいる必要があるので、選択肢がどこの会社なのか、特徴、難易度なども聞いた上で入居者に提案していくと良いと思います。