まず、売主が非課税業者=消費税の納税がない(非課税事業者)ということを意味しています。消費税を納める必要がある業者(課税業者といいます)の場合、売却した際の建物部分については消費税を買主から受け取ったことになり、決算の際に納税が発生します。
例えば物件価格が100万円で売買契約していて、建物が30万円、土地が70万円で案分していると、この建物30万円には消費税3万円がふくまれていて、実際の建物価格は27万円です。
ただ、非課税事業者はこの3万円を払う必要がないので、別に建物価格が90万円、土地が10万円でも影響がありません。購入する側は建物価格が大きければ大きい程、減価償却の元本が大きく、沢山償却を取って税金を減らすことができるメリットがあります。
基本的には固定資産税の評価額の土地と建物の割合に合わせるのが王道なのですが、売主の許可があれば建物価格の割合を増やすなど調整は可能です。ただ、税務署からの指摘もその分増すと認識した方が良いと思います。