三為取引が金融機関から忌避されるのは第一に消費者保護のためです。
三為に入る不動産業者が自社の利益を最大化させやすい構造にあり、今後長い付き合いになる融資希望者が多くの負債を追うことを懸念しているということがあると思います。また、関係者が１人増えることでトラブルも起きやすく、取引を円滑に進めたい金融機関としては避けたい理由の２つ目にその煩雑性があると思います。
三為契約→連件登記はあまり一般的とはいえず、三為を避ける金融機関が増えたために最近出てきたものと思います。取引自体に違法性はないので収支が合えばよいとは思いますが、例えば静岡銀行さんにおいては「三為」も「連件登記」も同じと考えており、残念ながら取り上げはできないとのことでした。金融機関に確認してみましょう。