預金担保融資は、融資額と同額の現預金が拘束されてしまうため、実質的には“現金購入と大差がない”点が最大のデメリットになります。
特に、規模拡大を目指す段階では、資金が固定されることは大きな負担となります。
このため、明確に利益が確定している購入（転売益が確実など）でない限り、積極的に利用するメリットは少ないといえます。
また、預金担保融資を使うことで、
・今後の物件担保融資が通りやすくなる
・将来的に大きなアパート融資へつながる
といった金融機関側の明確なメリット提供がある場合には検討の余地がありますが、そうでない場合は、現金が長期間拘束される点からもあまり得策とはいえません。
預金担保に回す金額（例：400万円）が現在の金融資産に対して大きい場合は、さらに負担感が強くなるため、避ける判断をすることもあります。