法人として2棟（RCと木造AP）を保有しています。 木造APの減価償却費が大きく、元本返済を上回っており、金融機関からの評価を下げることを懸念しているのですが何かできることはありますか？

まず減価償却費＞元本返済は確かにあまり良くない状況と思いますが、元本返済額に毎年の利益剰余金の予想額を足して減価償却費を上回れば、最低限年を追うごとに純資産が減少していくという状態は避けられる場合もあります。

ただ、どちらにしてもあまり良い状態ではないのできこりであれば減価償却期間を融資期間と同じにすると思います。ただ、その場合RCは法定耐用年数で、木造は融資期間を基準にと説明すると減価償却期間の考え方を恣意的に選択していると指摘を受ける可能性あります。なので、RCも融資期間に設定して問題ないか確認しておきましょう。