きこりもRCと重鉄の2棟まとめて購入したことがあり、正解はないと思いますが、その際には融資を受ける銀行の方にそれぞれの評価額を聞きました。要はどちらかが全焼や全壊した最悪のケースを想定した場合、金融機関にいくら返済すればよいかという方針で案分しました。
例えば
①融資が10,000万円でその全額をカバーしたいとした場合、評価が物件Aは7,000万円、物件Bは3,000万円の場合、それぞれ火災保険もこの金額に応じて按分します。2つの物件の評価額合計が融資額に満たない場合には、その割合で案分します。
②融資が10,000万円で土地の売却価格がどう考えても物件Aは2,000万円、物件Bは1,000万円などある場合には、①のように評価額で保険の補償額を物件それぞれに按分したのちに、そこから土地の売却価格を引いて(要は建物が使えなくなったら更地にして土地を売って返済する)補償額としてもよいと思います(きこりはビビリなので事業初期はとはいえ解体する費用は土地として売れなかったら困ると思い、①で行っていました)。