購入後に屋根裏にコウモリが住み着いていたことが判明しました。このことに関して買主に告知する義務はありますか？また、後始末としてどこまで対応したら良いですか？

屋根裏に害獣がいた形跡や糞尿による汚損があった場合は、原則として重説への記載が必要です。ただし、清掃・防除が完了し、現在は臭気や衛生上の問題がない場合は、任意記載（備考欄など）で差し支えなきと思います。

念のため、過去に発生した旨を簡潔に記載しておくとトラブル防止になると思います。
後始末についてどこまで対応するかは今の程度によるので一概に言えませんが、複数の業者に連絡して、どこまで対応が必要か確認すると良いかと思います。