入居中の清掃に協力いただけず退去を促す場合、事前に短期違約金と修繕費を振込などしておかないと退去手続きの完了にならないことを条件に退去手続きは適切でしょうか？

宅建業法と消費者保護の観点からこのような条件設定は難しいのですが、とは言えこちらから条件として提示し、先方から法的に対抗してくることがあれば取下げる前提で強気に行くのは良いと思います。あくまで入居者側が法的に強い立場にあることは頭に入れた上でそのままやはり住むとなるか、自分たちで徹底的に清掃し、実際に掛かる費用を少なくさせるなど、少しでもこちらが有利に立てるように働きかけていきましょう。