契約関連の諸費用について、売主指定の司法書士と銀行指定の司法書士がいる場合、どちらかに統一することはできますか？

司法書士の先生の統一は交渉次第ではありますが、金融機関・売主ともに司法書士の先生と業務提携している可能性高く、交渉は難しいかなと思います。

もし想定よりも諸経費が高額で取り組めない場合は、事前にこちらでも司法書士の先生を探して見積もりを取った上で、「予算上今の見積もりだと取り組めず、この価格まで下げるか、司法書士の先生を交代してもらえないか」と相談してみると良いかなと思います。