物件で自然死が起きた場合、退去後お祓いをしたいと考えています。その場合、保証人に費用負担はお願いできますか？

一度聞いてみても良いと思いますが、お祓い自体は「気持ち」の問題であり、義務ではないため、基本オーナー負担となり、保証人に支払ってもらうことは難しいと思います。ただ、様々な補償請求の中にまとめてお願いしてみるのは良いと思います。