賃料収入は微々たるものですが、不動産所得用の収支を赤字にしないような申告書を作成するべきという理解で合っていますでしょうか？

はい。

基本的に赤字にしてしまうと赤字の解消までとプラスαの期間(金融機関の判断による)は融資のハードルがかなり上がると認識頂くのが正しいです。