根抵当にすると返済が進んでもほかの銀行は抵当に入れることができず、他の金融機関の共同担保に使えないので若干不利になります。
また、根設定額は次回以降の融資を踏まえて設定額が普通抵当より当然大きくなり(極度額と言います)、その分登録免許税が高くなります。
もしフラットな立場であれば費用を考慮して普通抵当権でよいと思いますが、今回のように根抵当にすることで次の物件への融資に効果的で、根抵当権を推してくるのであれば関係性も考慮して根抵当権にしても良いと思います(きこりも複数の金融機関で根抵当を選択しています)。