農地転用物件について金融機関には農地転用して購入予定ですということを伝えて審査に出すということでいいのでしょうか？

はい。

融資特約に加えて農地転用（農業委員会による、用途の変更＋所有権移転の許可）が出ることを取引の条件として買い付けを出すのは良いと思います。また、金融機関にはその前提で審査をお願いしますと伝えることが今できる対策かなと思います。