個人で所有している物件でマスターリース契約を結び、法人に委託費を支払って売上を立てる場合、広告費や修繕費を法人が支払うと赤字になってしまいます。何か工夫できることはありますか？

マスターリース契約の中で、広告費や退去時の修繕費は実費を貸主（個人）に請求するとしておくと良いと思います。

なお、税法的にも問題ないかと思いますが、税理士さんにも相談しながらマスターリース条件を決ましょう。