自治体の判断に拠るのですが、未登記期間が長いと登記後に遡及課税される可能性はあり、登記をした現所有者に請求が来ます(売買契約書などでその場合は買主が負担するなどとなっていない限り)。
ただ、未登記であっても固定資産税が徴収されていることはあり、そういった場合は当然ながら徴収されません。
また、これはきこりの知る限りですが未登記建物はものすごく沢山あり、相続などをきっかけにそれをきちんと登記して売却するケースをよく見ますが、それによって固定資産税を遡及課税を登記した人が受けたというケースは聞いたことがありません。恐らく金額が大きくないので自治体もそこまで追わないのかと思います。