公庫や信金・信組といった小さめの金融機関、第二地銀や地銀の中でも規模がそこまで大きくない金融機関では、【役員借入金は純資産】と見做して決算書をより柔軟に見てくれる金融機関が多いと思います。
一方で、千葉銀行や横浜銀行、地方でも静岡銀行、福岡銀行といった大きな地銀になると、決算をより機械的に読み込み、法人を代表者から独立した存在と見るため、そこまで解釈してくれないことがあるかも知れません。
その際は、役員借入金がある場合にはしっかり説明する、もしくは解消したり、資本金に入れずとも資本準備金に入れるなど勘定科目に注意しましょう。
法人はあくまで個人とは別の人格です。その観点で見ると、借入金は役員からであっても【会社としては負債】と考えるのが自然と思います。
特に経営者保証を外したい場合など、会社と代表の癒着が刮目されるので意識して切り離すことが必要です。