まず、会社に届く住民税の通知書は2種類あり、住民税の普通徴収を選択している場合の通知書の発送先は下記のとおりです。

①給与・年金所得に関するもの：勤務先

②給与・年金所得以外に関するもの（不動産など）：確定申告した本人

つまり、勤務先に届く①の通知書に本業以外に起因した記載が入らなければ一般的には本業先にはバレないと考えられるのですが、②の不動産などの事業が赤字の場合は①の勤務先に届く通知書の住民税に赤字の金額が反映されるので本業にバレる可能性が高くなります。反対に黒字の場合は②に反映されるのでバレる可能性は低いと考えられます。

そのため普通徴収に切り替えていたとしても赤字確定申告をした場合はバレるリスクが高いと思います。