悩ましい問題ですね。検討中の物件への根抵当権を根拠に今後もその金融機関が融資をし続けてくれるのであれば根抵当権でも良いと思います。

まだ今後の融資の継続性が分からない場合や、普通抵当と金額が大差ない場合は、その金融機関にどちらの方が次の物件への融資に効果的かをヒアリングして、根抵当権を推してくるのであれば関係性も考慮して根抵当権にしても良いと思います。

なお、根抵当にすると返済が進んでもほかの銀行は抵当に入れることができず、他の金融機関の共同担保に使えないので若干不利になりますので、フラットな立場であれば費用を考慮して普通抵当権でよいと思います。