法人を設立して進めたいと思っていますが、自己資金は全て資本金として入れた方が良いですか？

資本金は多い方が金融機関の評価が上がりますが、全額入れてしまうと全て法人のお金になってしまうので、そこまでせずとも良いと思います。また、法人の現金が足りない時にはいつでも経営者貸付として法人に資金を入れることも可能です。