確定申告を自分で行い、収入が増えた場合、住民税の税率が変わるケースがあります。会社は給与を支払う際に源泉徴収していますが、その税率が変わることで気づかれる可能性はあります。ただし、気づかれたとして問題になるケースは少ないと認識しています。
対応方法としては、確定申告する際に「副業に関連する住民税は自分で納付する」にチェックすると、給与からの源泉徴収は給与分のみとなります。
また、赤字になっている場合も自分で納付にチェックすることで、住民税の戻りを自身で還付申請できるようになりますが、確実ではないので確認しながら進めましょう。