修繕費用が見合わない際に、工務店ではなく暮らしのマーケット等で見つけた個人大工さんにサブではなくメインで修繕を発注する、という進め方でも問題ありませんか？

依頼する大工さんの力量によります。依頼する工事内容をやったことがある人でないと難しいと思います。
全体の工事は工務店にお願いして、部分的に他の業者を入れる場合、こういった個人の方にお願いすると工程管理が大変になるので注意が必要です。