税理士さんにご相談のうえ最終判断いただければと思いますが、売買契約書で土地・建物の内訳を記載せず、売主・買主がそれぞれ別の比率で計上する方法は、税務署から指摘を受ける可能性があり、最悪の場合は否認されるリスクがあります。
土地と建物の価値については、原則として売主・買主双方が売買契約書に基づいて同じ配分で計上することが想定されています。
そのため、契約書上は内訳を記載せず、買主側のみが建物割合を高く設定して減価償却費を多く計上し、所得税の負担を軽減するような処理を行った場合、税務署から問題視される可能性があります。