きこりもほぼ同じ被害に遭ったことがありますが、残念ながら、こういった工事関係の完成前の支払トラブルでお金が返って来るケースは聞いたことがありません。
全額費用を支払った上で連絡が取れなくなっている場合は、勝訴して金額を回収できる僅かな希望を込めて訴えを起こすか、これ以上空室期間が延長しないように別の工務店さんで修繕の手配を進めるかしか方法はないと思います。
なお、きこりは弁護士にも相談の上で訴えを起こすつもりでおりましたが、ほかの被害者がこの夜逃げした業者さんの自宅に放火し、大きな事件になったため、それ以上追跡することを辞めました。結果として、損切りしてリフォームを行い、満室にする方を選びました。
今後の対策として、工事費用は着手金を先に払い、工事を進めてもらい、完成したら完了検査をしてOKだった時に残金を支払うと今回のようなケースは防げると思います。