奥様が法人代表となる場合でも、ご自身がメインとなって金融機関と話を進めること自体は問題ないケースが多いと思います。
ただし、その場合は、
それぞれがどのような役割を担っているのか
なぜ代表者が奥様になっているのか
を金融機関にきちんと説明できるようにしておくことが重要です。
例えば、物件検索、内見、金融機関開拓など、外回りの業務はご自身が担当し、売買仲介との折衝、リフォームプラン作成、在宅やオンラインでできる業務などは奥様が担当している、といった形です。
また、「会社の都合で代表は奥様にしている」といった背景も含め、役割分担を自然に説明できれば、不自然に見られるケースはそこまで多くないかなと思います。