保険金増額の条件なのか、工事費用の支払い証憑の写しを提出後に保険金を支払うと連絡がありました。保険支払い金額（100万円）よりも少額の工事費用の支払い証憑の場合、保険金は減額されるのでしょうか？

これは、その保険にいつ加入したかに依存しますが、2022年10月1日以降の契約については、基本的に補償請求した内容での復旧義務が課せられています。

という対応が取られます。

今回のケースでは後者にあたり、支払いの証跡をもとに補償金額を確定する運用のため、
実際に支払った金額が見積より少ない場合は、その金額に合わせて保険金も減額されると考えられます。