売主が預かっている敷金は、売価に含まれている前提で指値すべきですか？それとも別途受領できますか？

原則として敷金は買主に引き継がれ、決済時に精算されます。

賃貸借契約の地位を買主が承継するため、敷金は 売主から買主へ引き継がれるのが一般的です。実務上は、決済時に「売買代金 − 敷金相当額」を振り込む形で精算されます。

ただし、

など、例外的なケースもあります。
そのため、売買契約書で敷金の取り扱いを必ず確認しておくことが重要です。