金融機関に提出する資料上で、仮審査で提示された金利よりも低い金利を希望条件として出すのは避けた方が良いでしょうか？

「こちらの希望として」記載する分には問題なく、交渉材料として活用してよいと思います。

その際には、事業性、修繕内容物件の安定性などを資料上でしっかり記載し、金利引き下げを狙っていくと良いと思います。

なお、前提として金利は「金融機関の売上」なので、交渉の優先順位は低く、きこりは「もっと金利を上げても良いので融資期間を増やしてもらえないか・融資金額を増やしてもらえないか」と交渉することも多いです。