金融機関の資本金の入力欄が百万円刻みなことが多いため、100万円より小さいと0に見えてしまうので100万円以上を推奨しています。
資本金は多ければ多い程、金融機関の評価は高まるので多い方がよいと言えばよいのですが、資本金に入れたお金は会社のお金なので、会社以外には使えないのがネックになります。ただ、会社として使う分にはいくら入れても自己資金と認められますし、運転資金に資本金に入れているお金を使ってもお金に区別はなく、特に問題ありません。なので、結論100万円以上で個人として持っておきたいお金を残し、無理のない範囲を資本金としておくと良いと思います。