法人の税金をコントロールし、手残りCFの金額を改善する方法はありますか。

経費でコントロールできることが多いです。

償却期間を長く取ることもできるため、税理士と相談して決めていかれると良いと思います。

また、税金のために社有車を購入するという方がいますがそういったものより通常の生活で必要なものを法人経費で購入したり、セーフティー共済を活用したり、旅費規程などで手当てを出したりする方がキャッシュを温存できると思います。