物件購入により、法人の自己資本比率が大きく低下する場合、次の物件を購入しづらくなる可能性はありますか？

はい、大きな負債を入れると見た目は財務が悪くなるので決算が良化するまでは融資を受けにくくなります。

ただし、決算をよくしていけば継続的な融資が望めますし、小さい物件の売却を入れることで自己資本を回復させるなどの策も有効に働きます。

目安として自己資本比率が10～15％程度を維持できれば大きな問題にはならないかと思います。(それでも財務が問題で融資してくれないとなるとそもそもお付き合いが難しい金融機関かなと思います)