まずは仲介さんや工務店さんが物件の最寄りの公庫と取引がないか、もしくは紹介という形で繋いで頂けないか確認しましょう。
地元の業者さんからのご紹介ですと公庫は無下にできず繋いでくれることもありますので、そこからトライしましょう。
それが難しい場合には、どの経路で申し込んでも居住地近隣のエリアの支店を紹介されてしまい、そこと面談をする必要があると思います。他の支店で断られてしまった場合、再度別の支店に申し込み「〇〇区の支店とはすでに面談済みで、断られてしまったがどうしても事業を営みたくコチラの支店に相談した」と伝えるのが良いかと思います。