いいえ、溜まっていくCFではなく今既に大規模修繕が必要な場合にはその分も収支に入れて判断が必要です。喫緊で大規模修繕が必要でなく、5年以内は大きな修繕が必要ない場合には5～7年以内にCFで手出ししたキャッシュが戻って来ているはずなので、何かあればそれで対応していけるように設計していきましょう。
どちらにせよ、大規模修繕費用の見積もりを取得して、CFの一部を積み立てておくと良いと思います。（実際は大規模修繕のタイミングで追加融資を引けることもあり、使わないケースもあります）
5年以内に修繕が必要になって来ることが分かるものは初期費用に入れ、指値するなどしても帳尻が合わない場合には無理に追わないようにしましょう。