空き家となっている期間に水を流していなかったため、中が凍結し給湯器が壊れておりました。また過去に雨漏れがあったようで屋根を一部修繕されています（おそらく瓦の漆喰をやり直した程度）。こういった場合、売主様の火災保険は適用できる可能性がありますでしょうか。

はい、あると思います。

給湯器に関しては所有者が空室になったので水抜きを怠り凍結してしまい、それが売却時に判明することはケースとしてあり、３年を過ぎていると遡及して請求できませんが過ぎていなければ出来る可能性高いと思います。雨漏れも売主さんが保険加入期間に災害があり、それが原因と考えられるのであれば同じく３年を過ぎてないければ遡及して申請できると思います(激甚災害に指定されている災害の場合には３年の縛りなく、遡及できることもあります)。