未登記でも火災保険には入れます。

ただ、通常は登記簿を頼りに構造などを判断するのですが、それができないため、保険料が少々割高になる可能性があると思います。保険代理店の方に相談し、金額と補償内容を見て検討しましょう。車庫としての利用であればそこまで高いものを掛けなくてもよいと思います。