売主に保険が下りてそれを覚書によって受領する場合は、保険金という性質はなく、物件購入に係る値引きとする会計処理が多いと思います。そのため、物件の購入名義法人で受領し、修繕する際にも当然ながらここから支出するのが良いと思います。

会計処理については最終的には顧問税理士さんに相談して決めるのが良いと思います。